Retrieva推出核酸藥物高速序列搜尋系統「GGGenome套件版 藥物開發基本包2026年版」

株式會社Retrieva（總部：東京都豐島區，代表董事：田口琢也）宣布推出針對核酸藥物（利用RNA或DNA的新型態藥物）的高速序列搜尋系統「GGGenome套件版 藥物開發基本包2026年版」。2026年版除支援RefSeq release 230與D3G 26.03資料庫外，更強化大規模搜尋速度與外顯子／內顯子指定搜尋功能，協助藥物研發中的脫靶效應評估（評估對非目標基因的作用可能性）更有效率。

近年來，隨著siRNA、ASO等核酸藥物的研發持續擴展，高精度的脫靶效應評估以及使用最新資料庫進行安全性評估的重要性日益提升。

GGGenome是一套針對短序列設計的高速且無遺漏的序列搜尋系統，支援核酸藥物研發中至關重要的脫靶效應評估，有助於藥物候選序列的探索、安全性評估以及大規模序列設計的效率提升。

Retrieva提供的GGGenome套件版可於離線環境使用，目前已廣泛應用於製藥企業、生技公司、CRO及學術機構。

本次更新除納入最新的RefSeq release 230與D3G 26.03資料庫外，亦強化搜尋處理速度、資料庫記憶體常駐功能及批次搜尋功能，進一步加速製藥與生技企業的大規模篩選與核酸藥物設計流程。

核酸藥物脫靶效應評估的挑戰

核酸藥物通常以約20個鹼基的短序列為目標，傳統通用型序列搜尋工具在包含錯配或插入／缺失的搜尋中，可能產生遺漏。

GGGenome採用專為短序列搜尋設計的演算法，即使包含錯配或間隙，仍能實現高速且無遺漏的搜尋。國立遺傳學研究所生命科學整合資料庫部門（DBCLS）提供其網頁版（https://gggenome.dbcls.jp）。（以下為區別套件版，稱為「GGGenome網頁版」。）

此外，GGGenome整合了包含核酸藥物設計關鍵的pre-mRNA（剪接前RNA）資料的「D3G（※）」資料庫，實現包含內顯子區域的標的搜尋。

GGGenome亦已有應用於向PMDA提交申請時的核酸藥物安全性評估實績。

※ 關於D3G

D3G由AMED基因組藥物開發基礎推進研究計畫河合團隊（2017～2022年度）建置，現由川路團隊「運用基因組資訊探索新藥物標的等基礎建設研究」（2023年度起）維護。D3G廣泛應用於核酸藥物開發與法規申請，亦可透過GGGenome網頁版進行搜尋。

https://d3g.io/

GGGenome套件版特色

### 可於離線環境使用

GGGenome套件版以可攜式SSD形式提供，軟體預先安裝，無需網路即可於離線環境使用。因此，藥物候選資訊、序列資訊等機密資料無需外傳，即可安全執行搜尋與分析。

### 放寬大規模搜尋限制

相較於網頁版，套件版大幅放寬搜尋筆數與時間限制，可執行結果數量龐大且負載較高的搜尋。

（搜尋筆數與時間限制放寬範例）

・API使用時結果筆數上限：最高1,000萬筆 ・搜尋引擎內部命中筆數上限：最高10億筆 ・搜尋逾時上限：最高24小時

### 關注基因高亮功能

可於搜尋結果中高亮顯示指定的關注基因，實現結果篩選、CSV輸出與高亮顯示。有助於從大量結果中高效篩選出高風險的脫靶候選基因。

### 批次搜尋支援「Bioret tool」

透過Bioret tool，可執行多筆查詢批次搜尋、跨資料庫搜尋、剪接前後結果整合、執行紀錄管理與摘要輸出。協助評估對蛋白質轉譯區域的影響、早期安全性風險篩選，以及加速大規模候選序列設計。

### 原創搜尋UI（測試版）

原創搜尋UI（測試版）可依轉錄產物的元資料（基因名稱、CDS／UTR區域、外顯子／內顯子區域等）提取搜尋結果。可依需求提取CDS區域或內顯子區域等結果，提升功能影響評估效率。

2026年版主要更新

### 支援最新資料庫

核酸藥物開發與法規申請需使用最新資料庫進行脫靶效應評估。

藥物開發基本包2026年版已支援RefSeq release 230與D3G 26.03。

目標物種包含藥物開發常用的9種：人類、小鼠、大鼠、兔子、食蟹猴、恆河猴、絨猴、狗、豬。

圖1：2026年藥物開發基本包所含資料庫一覽

圖2：RefSeq release 225至230更新內容

圖3：D3G 25.03至26.03更新內容

### 提升搜尋效能

2026年版新增：

設定搜尋結果筆數上限功能

將搜尋目標資料庫常駐於記憶體功能

可有效控制搜尋處理負載，提升大資料搜尋效能，並實現更流暢的篩選操作。

此外，2026年版亦將外顯子／內顯子指定搜尋擴展至批次搜尋。

與ORIGENICS整合

GGGenome亦與核酸藥物設計整合平台「ORIGENICS」連動。

ORIGENICS為整合平台，可一貫執行siRNA、ASO、CRISPR-Cas gRNA等設計至脫靶效應評估的完整流程。

整合NCBI datasets API、ClinVar等外部資料庫與GGGenome內建資料庫，同步進行設計與安全性評估，協助減少藥物研發中的反覆作業。

提供形式

GGGenome套件版以預先安裝於可攜式SSD的形式提供。

今後展望

Retrieva將持續推動核酸藥物設計與脫靶效應分析的技術升級，致力於提升藥物研發速度與安全性。

關於株式會社Retrieva

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